Au début du XIXe siècle s'ouvre une période noire pour le Couvent des Jacobins, qui, transformé en caserne pour les armées napoléoniennes, a bien failli être détruit.
En 1789, la Révolution interdit l'ordre des Frères Prêcheurs qui doivent abandonner le couvent qui pourtant ne souffre pas trop des exactions dont sont victimes certains édifices religieux à cette époque.
Par précaution, en 1791, les reliques de Saint-Thomas d'Aquin sont transférées à la basilique Saint-Sernin.
En 1804, le couvent devient propriété de la Ville de Toulouse.
La chapelle Saint-Antonin sert d'infirmerie aux chevaux
La période noire débute en fait en 1810, quand Napoléon réquisitionne les lieux pour y installer l'armée.
Conséquence, en 1812, pour adapter les lieux aux besoins d'une caserne, des planchers sont créés dans l'église. Une écurie est installée au rez-de-chaussée, le matériel et l'armement remplacent les bancs et les autels. Les militaires installent leurs dortoirs à l'étage.
Toutes les parois de l'église sont recouvertes d'un badigeon, les vitraux sont détruits. Le réfectoire devient un manège à chevaux et la chapelle Saint-Antonin une infirmerie. Une des galeries du cloître est détruite et remplacée par un auvent qui abrite une forge.
De nombreux Toulousains s'insurgent contre ce massacre. Ils ne sont pas écoutés et l'armée envisage même de détruire le monument, malgré son classement en 1841.
L'armée accepte finalement de partir en 1861, en échange d'une nouvelle caserne.
Avant sa restauration du XXe siècle, le couvent des Jacobins connaîtra de nombreuses affectations. Une exposition des Arts et Industries, en 1865, y réunira plus de mille six cent artisans.
En 1872, la municipalité affecte le lieu aux élèves du lycée Fermat. Ils y viennent en récréation, y suivent le catéchisme et des cours de dessin.
Enfin, durant la première guerre mondiale, l'église sert d'abri aux richesses des musées de Paris.
